Dentre os principais objetivos da AENFER estão a defesa da Ferrovia, a preservação da memória ferroviária, o desenvolvimento técnico e cultural dos seus sócios, promover o intercâmbio de informações técnicas com as demais associações de engenheiros, pugnar pelo planejamento institucional do sistema ferroviário nacional, bem como pela participação do seu corpo técnico nos processos decisórios das empresas ferroviárias, combater qualquer tipo de discriminação e não se manifestar sobre política partidária, defender a integração e a cooperação entre as empresas ferroviárias, defender a proteção ao meio ambiente, ao consumidor, à ordem econômica, à livre concorrência ou ao patrimônio artístico, estético, histórico, turístico e paisagístico, à preservação ferroviária e ao transporte sobre trilhos de um modo geral.